Pour créer une image avec un fond transparent, on va faire un copier coller dans Paint. Enregistrer par exemple au format png. 

Enfin aller sur un site faisant la transformation ou la faire dans GIMP ou un autre logiciel d'infographie.

Je profite d'être dans Paint pour déplacer l'image pour laisser une bande blanche d'environ un carré tout autour la "quiet zone".

Que l'on aille sur un site ou dans un logiciel de dessin, l'idée est de transformer la zone en violet en transparent (canal alpha).

Une fois l'image collée dans GIMP, je peux remplacer le violet par une transparence en faisant couleur vers alpha.

Après un clic droit je choisis dans le menu couleur/couleur vers alpha

Par défaut, le logiciel va proposer le blanc comme couleur de transparence, il faudra cliquer sur la couleur pour avoir une fenêtre de choix. 

Dans celle-ci, avec une pipette vous cliquerez sur un pixel violet et alors les parties de votre QR code qui ne sont ni blanches ni noires seront transparentes. 

Il vous suffit alors d'ajouter ce calque à votre image de départ.